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2025년 12월 3일 서울 종로구 감사원의 전경. /장경식 기자
국세청이 세무조사를 우선적으로 받을 이유가 없는 기업과 개인을 세무조사 대상으로 잘못 선정해, 기업 43곳과 개인사업자 69명이 54억여 원을 추징당한 것으로 감사원 감사 결과 드러났다.

27일 감사원이 공개한 국세청 정기 감사 보고서에 따르면, 국세청은 매년 각 법인 사업자가 세금을 성실히 신고했는지를 분석해, 불성실 신고 혐의가 있는 법인을 세무조사 대상으로 선정한다.

그런데 국세청은 2023년 말과 2024년 말 각 법인의 성실도를 평가하면서, 수천 법인에 대해 18~32점의 기본 점수를 주지 않고 0점 처리했다. 실수였다.

그러나 국세청은 실수를 알아차리지 못한 채로 불성실 신고 혐의가 있는 법인 명단을 전국의 지방국세청에 내려보냈고, 실제로는 혐의가 없는 법인 120곳이 부당하게 세무조사 대상이 됐다.

이 가운데 50여 곳이 실제로 세무조사를 받았고, 43곳이 총 37억여 원을 추징당했다. 세무조사로 인해 1곳당 세금 약 8600여만 원을 더 내게 된 것이다.

개인사업자 세무조사 대상 선정 과정에도 문제가 있었다. 국세청이 2022~2024년에 개인사업자 일부를 세무조사 검토 대상 명단으로 지방국세청에 내려보냈는데, 각 지방청이 국세청이 사전에 만들어놓은 지침에 있는 기준에 따라 대상자를 정하는 것이 정상적인 절차였다.

그러나 지방청 7곳 가운데 3곳은 지침을 따르지 않고 대상자를 자체적으로 세운 기준에 따라 임의로 선정했고, 1곳은 아예 아무 기준도 없이 국세청이 보낸 명단의 앞에서부터 순서대로 대상자로 선정했다. 그 결과, 70명이 부당하게 세무조사 대상자로 선정됐다. 국세청도 각 지방청이 보고한 대상자 명단을 재검토하지 않고 그대로 인정했다.

이 가운데 69명이 실제로 세무조사를 받았고, 단 2명을 제외한 67명이 1인당 평균 약 2500만원씩 총 17억여원을 추징당했다.

이렇게 세무조사를 당한 법인과 개인사업자들은 지금도 자신들이 세무조사 대상으로 부당하게 선정됐다는 것을 알지 못하고 있는 것으로 전해졌다.

반면 우선적으로 세무조사 대상이 됐어야 할 법인이나 개인사업자 일부는 세무조사 대상에서 벗어났다. 예를 들어, 광주·대전·중부지방국세청은 세금 탈루 혐의가 짙은 개인사업자 5명을 동명이인과 혼동하거나 조사 이력을 확인하지 않는 등의 이유로 세무조사 대상에서 부당하게 제외한 것으로 드러났다.

감사원은 국세청의 세무조사 대상 선정 기준 자체에도 허점이 있다고 지적했다. 예를 들어, 전년도에 모범 납세자로 선정된 기업이라도 이듬해에는 불성실 신고를 했다면 세무조사 대상으로 삼아야 하는데, 모범 납세자 ‘가점’이 불성실 신고 혐의로 인한 ‘감점’을 상쇄하게 돼 있어, 불성실 신고 혐의 법인 일부가 세무조사를 피하고 있었다. 정반대로, 불성실 신고로 볼 수 없는데도 불성실 신고로 취급해 불이익을 준 경우도 있었다. 법인 최소 1615곳이 이렇게 불이익을 받았다.

감사원은 국세청에 세무조사 대상자 선정 업무를 소홀히 한 직원에게 경고를 주도록 하고, 세무조사 대상자 선정 업무를 재정비해 비슷한 일이 재발하지 않도록 하라고 통보했다.

한편, 가족 간에 주식이나 부동산을 편법으로 증여했는데도 국세청이 증여세를 추징하지 않고 정상적인 양도 거래로 인정해 준 경우가 22건 817억원어치 발견됐다. 대다수가 주식·부동산을 실질적으로 증여하면서 매매·대여 계약인 것처럼 계약서를 꾸며 놓은 경우였다. 예를 들어, 수백억 원어치 주식·부동산을 ‘매매’한다고 해 놓고 계약금조로 10%만 받고, 나머지 90%는 빌려준 것처럼 꾸며져 있는데, 4년 넘게 이자를 받은 적이 없고 담보도 설정해 놓지 않은 경우였다.

이른바 ‘사무장 병원’을 운영하다 적발돼 법원에서 확정 판결까지 받은 사람들에 대해 국세청이 세금을 물리자 않고 방치하다가 소멸 시효(7년)가 완성돼 버린 경우도 여러 건 발견됐다. 국민건강보험공단이 사무장 병원 명단을 국세청에 넘겼으나, 국세청은 각 병원 관계자들의 유죄가 확정되지 않았다는 이유로 이들을 내버려두었다. 유죄 확정 판결이 속속 이뤄지는 동안에도 국세청은 판결이 나는지를 확인하지 않았다. 그 결과, 105개 사무장 병원 관계자들로부터 받아냈어야 할 부가가치세 267억원을 부과 제척 기간 7년이 지나 받을 수 없게 됐다.

이와 관련해 감사원은 국세청에 과세 감독 업무를 철저히 하라며 주의를 줬다.